Muzeum, otevřené v roce 1989 a přestavěné v roce 2008, představuje výstavy "Jezdecký tábor v Carnuntum" a "Starověký vodní svět v Carnuntum". V suterénu muzea se nachází skutečná rarita: křížová stavba. Hlavní kanalizační stoka, která v rozporu se všemi antickými stavebními předpisy kříží potrubí s pitnou vodou z jezdeckého tábora. V zahradě se nachází také lapidárium s dvanácti náhrobními kameny z pohřebiště v okolí pomocné pevnosti. Životopisy bývalých obyvatel, vytesané do kamene, poskytují osobní pohled do jejich soukromého života.
